Ao ser lançado, o livro O Código da Vinci foi alvo de críticas contundentes, sobretudo de religiosos que afirmaram que Dan Brown distorceu os fatos histórico-religiosos a respeito da Bíblia e da história de Jesus Cristo.
Os protagonistas da obra são Sophie Neveu e Robert Langdon, o primeiro uma criptógrafa francesa da polícia criminalista e o segundo um famoso professor de simbologia de Harvard. Ambos passam a serem os principais suspeitos, pela polícia judiciária da França, como os envolvidos na morte de Jacques Saunière o responsável pela organização e manutenção do acervo de obras de arte do museu do Louvre, em Paris.
Antes de morrer Saunière deixa uma mensagem cifrada em seu corpo e no assoalho do museu do Louvre. Langdon passou a ser o principal suspeito do crime visto que o seu nome foi escrito por Saunière antes de morrer. Sophie passou com a ajuda de Robert a investigar a morte de Jacques já que ele era seu avô.
Ao mesmo tempo em que investigam a morte de Saunière são perseguidos pela polícia da França. Neveu descobre que seu avô fazia parte de uma fraternidade secreta conhecida como Priorado de Sião e que ele era o Grão Mestre desta sociedade secreta, ou seja, o líder. Descobriu, também, que vários famosos da arte e da ciência já foram Grão Mestres do Priorado de Sião como Leonardo da Vinci, Isaac Newton, Victor Hugo e outros mais.
Na galeria do museu Sophie encontrou uma chave dourada deixada pelo avô. Na chave estava escrito o endereço de um banco suíço no qual, posteriormente, Sophie e Langdon encontraram a pedra chave do Priorado dentro de uma caixa que continha um cilindro com cinco discos de mármore nos quais estava escrito as letras do alfabeto. O segredo para abri-lo era alinhar as cinco letras e formar a palavra secreta.
Anteriormente abriram o cofre com a senha de dez dígitos que Jacques havia escrito aleatoriamente no piso do museu. Sophie descobriu que era a famosa sequência geométrica Fibonacci na qual cada termo é obtido através da soma dos dois termos precedentes: 1, 1, 2, 3, 5, 8, 13, 21…
Em fuga Sophie e Langdon vão para a residência de um velho amigo de faculdade de Robert, o historiador Leigh Teabing. Leigh explica para Sophie a origem do Priorado e sobre o segredo milenar que este guarda desde os tempos de Cristo. Muitos historiadores e teólogos especulam hipoteticamente que seja a respeito da verdadeira identidade de Jesus Cristo e de Maria Madalena.
Teabing declara para Neveu que Jesus havia se casado com Maria Madalena e com a qual tivera uma filha chamada Sarah. A função do Priorado passou a ser a proteção dessa suposta descendência de Cristo, também chamada de dinastia merovíngia ou simplesmente linhagem real. Fala, além disso, que o Priorado após a sua fundação em 1099 em Jerusalém criou a Ordem dos Cavaleiros Templários os quais encontraram sob os escombros do Templo de Salomão os documentos Sangreal que continham a verdadeira história de Cristo e de Maria Madalena.
Portanto, durante muitos anos o Vaticano tentou desesperadamente ocultar esses documentos da humanidade pagando vultosas valias para os Templários a fim de manterem os documentos em segredo. No entanto no século V o papa Clemente decidiu suprimir tais documentos mandando perseguir e queimar vários Templários acusando-os de rituais demoníacos e blasfêmia contra Deus e a Igreja.
Isso ocorreu em uma sexta feira 13 que virou uma lenda a qual perdura até os dias atuais como o dia do azar. Todavia alguns templários conseguiram fugir e levar os documentos Sangreal protegendo-os até os dias atuais.
Segundo o Priorado de Sião o Santo Graal não é o cálice que Cristo utilizou na Última Ceia e que José de Arimateia usou para colocar o sangue de Cristo que jorrava após as perfurações da crucificação, mas sim os restos mortais de Maria Madalena que estavam secretamente escondidos pelo Priorado de Sião juntamente com os documentos Sangreal.
Os integrantes do Priorado faziam adoração e culto ao sagrado feminino que era representado pelo cálice uma vez que a mulher tinha a dádiva de gerar a vida, eis a razão da sua santidade.
A Igreja, portanto, condenou a adoração à deusa e, a partir de então, criou uma imagem negativa da mulher. Estas, por sua vez, não podiam e nem podem fazer parte do celibato clerical da Igreja e de outras funções que passaram a ser prioridade dos homens, como Padres, Cardeais e Papas.
Além disso, milhões de mulheres foram queimadas vivas em fogueiras acusadas pela Igreja de heresia e de rituais demoníacos em um momento da história que ficou conhecido como caça às bruxas. Leonardo da Vinci em várias obras de sua autoria ocultou detalhes que se referiam ao sagrado feminino, como a obra da Última Ceia que no lugar do discípulo João seria Maria Madalena ao lado direito de Jesus. Seu corpo inclinado para o lado direito forma com o de Jesus o formato da letra M que simbolicamente sugere Matrimônio.
Em outro plano da trama se destacam os personagens do Bispo Aringarosa, que fazia parte do Opus Dei, uma prelazia do Vaticano que estava sendo motivo de controvérsias e acusada de práticas perigosas como lavagem cerebral e mortificação corporal, e de Silas, um albino que matou o pai quando criança, já que ele o desprezava por causa da sua doença, e que foi preso por roubo, mas logo depois fugiu da cadeia graças a um terremoto.
Silas foi encontrado ferido por Aringarosa que logo tratou de ajudá-lo e passou, a partir de então, a ensiná-lo o caminho de Deus. Para impedir a separação do Opus Dei do Vaticano Aringarosa aceitou a ajuda de um homem que se identificou como “Mestre” e que dizia saber de um segredo que faria o Vaticano e toda a Igreja Católica curvar-se aos pés de Aringarosa. Silas ficou encarregado de descobrir a pedra chave do Priorado e acabou matando os quatros guardiães da fraternidade, inclusive Jacques Saunière.
Ao abrirem e descobrirem o segredo da pedra chave Sophie e Langdon vão para Londres na Inglaterra em busca do Santo Graal. Chegando lá eles descobrem que quem mandou matar Saunière foi o próprio Teabing, visto que ele queria a todo custo encontrar o Graal e revelar o segredo para a humanidade. Teabing foi preso graças ao Bispo Aringarosa que revelou à polícia, a qual logo descobriu que Teabing era o “Mestre” que estava por trás de todas as mortes naquela noite.
O tenente Collet da polícia judiciária encontrou na residência de Teabing um cômodo de escutas telefônicas e gravações de áudio. Teabing descobriu muitas coisas sobre o Priorado e sobre seus guardiães graças a esse compartimento repleto de aparelhos de alta tecnologia.
Seguindo as pistas codificadas Sophie e Langdon vão para a Escócia pensando que o Graal estava em uma cripta na Capela Rosslyn. Lá Sophie encontrou sua avó e seu irmão mais novo que ela pensava que estavam mortos depois de um misterioso acidente de automóvel. Sua avó lhe explicou a verdade dos fatos dizendo que todos iriam àquela viagem, mas só foram sua mãe e seu pai. Também disse que o acidente foi uma intimidação da Igreja, visto que a família de Sophie pertencia a Dinastia Merovíngia, ou seja, a descendência de Jesus Cristo.
Sophie sentiu muito remorso por ter passado dez anos sem falar com seu avô após vê-lo em um ritual sagrado fazendo sexo com outra mulher. Por isso que Saunière escreveu o nome de Langdon no piso do Louvre antes de morrer para que ele pudesse descobrir e explicar a verdade à Sophie. Langdon disse a ela que o ritual chamado de Hieros Gamos fazia parte da ideologia do Priorado. Logo mais tarde a avó de Sophie revela à Langdon que o Graal não está sob a Capela Rosslyn, mas diz que um dia Langdon irá encontrá-lo.
No dia seguinte Langdon realizará uma palestra em Florença e terá que se separar de Sophie. Ela o beija na testa e depois na boca iniciando, portanto, um relacionamento amoroso com ele. Langdon não desiste do seu intento e dias depois descobre que o Graal está sob a pirâmide do museu do Louvre em Paris assim como dizia a mensagem codificada de Saunière:
Abaixo da antiga Roslin ‘stá o Graal.
Pela arte dos grandes mestres velada jaz.
Lâm’na e cálice guardam-lhe o portal.
Sob estrelado céu descansa em paz.