Em um zoológico de Nova Iorque, uma girafa, um hipopótamo, um leão e uma zebra entretinham o público com suas apresentações. Eram tratados como reis com conforto e boa alimentação, cuidados estéticos e de saúde.
Até que um dia a zebra decide fugir e passear pela cidade. Seus amigos preocupados vão em sua busca. Toda a polícia da cidade se mobiliza para capturar os fugitivos.
Eles são deportados para a savana africana, mas no percurso marítimo sofrem um naufrágio e as caixas onde estavam presos vão parar na ilha de Madagáscar.
Ao perceberam que estavam na natureza selvagem e não mais no conforto da civilização ficam assustados e enfrentam muitas dificuldades de adaptação ao novo lar.
Ao espantarem por acaso um bando de fossas que iriam devorar um grupo de lêmures são tratados por estes como heróis.
Alex, o leão, já faminto, deixa o seu instituo selvagem falar mais alto e quase devora todos, até mesmo os seus amigos, os espantando. Ele foge envergonhado pela sua atitude e se isola.
Seu amigo Marty, a zebra, vai procurá-lo para avisar que o navio voltou para resgatá-los. É atacado pelas fossas e salvo por Alex que se arrepende do que fez e volta com os amigos.
Os pinguins, que são muito espertos, imobilizaram os homens do navio e o levaram até a ilha de Madagáscar para buscar os amigos naufragados.
Já no navio, os animais se despedem das lêmures, mas os pinguins confessam entre si que o navio está sem combustível.
